와콤 기술이 채용된 S펜의 독자적인 성능과 대화면으로 삼성의 대표 스마트폰으로 올라선 갤럭시 노트 시리즈. 최근 출시된 갤럭시 노트5에서 이 S펜의 잘못된 사용으로 제품이 손상될 수 있다는 소식이 알려졌다. 이미 많은 사용자들에 의해 보고된 이 현상은 갤럭시 노트5의 S펜을 역방향 즉 펜의 상단을 제품 내부에 삽입할 경우 S펜을 탈착하거나 자동으로 인식할 수 없는것은 물론 제품이 직접 손상될 수도 있다는 것이다. 삼성은 갤럭시 노트5에서 기존의 펜 탈착 방식을 개선, 내부 스프링을 통해 경쾌하게 분리되는 새로운 기술을 채용했다. 따라서 사용자가 S펜을 거꾸로 삽입할 경우 이 반자동 장치가 오동작해 다시 S 펜을 꺼낼 수 없는 현상이 발생한다. 더불어 S펜의 탈착을 기기가 감지해 자동으로 관련 기능을 실행하는 자동 펜 인식도 정상 동작하지 않을 수 있다는 것이 현재까지 밝혀진 사실.

현재 전세계 사용자에 의해 해당 현상이 보고되고 있지만 삼성전자는 아직 구체적인 답변을 내놓지 않고 있다. 한편 제품에 동봉된 메뉴얼에 S펜의 삽입 방향에 관한 경고가 삽입되어 있어 사용자의 부주의에 초점을 맞춰야 한다는 등 양측 의견이 분분한 상태이다.